Surveillance épidémiologique

• Décrire l’épidémie (qui est touché, le(s) foyer(s) de l’épidémie et son évolution) pour orienter les mesures de contrôle.
• Surveiller et évaluer l’impact des interventions mises en œuvre.
• Mener des investigations sur le terrain dans les zones touchées, notamment en recherchant activement les cas, en explorant les sources possibles de contamination et en identifiant les facteurs de risque et les voies de transmission. Dans la mesure du possible, tester les sources d’eau potable des patients à la recherche d’une contamination fécale, ou, si l’eau est chlorée, contrôler le niveau de chlore résiduel libre (CRL).
• Au cours des investigations sur le terrain, inclure un volet d’intervention, incluant par exemple la distribution de produits de traitement de l’eau et de SRO, et la diffusion de messages clés d’éducation à la santé. Les interventions doivent être prioritaires au foyer et chez les voisins des patients atteints du choléra.
• Cartographier l’emplacement des foyers des patients atteints de choléra et des sources d’eau environnantes pour aider à identifier les zones à risque, cibler les interventions et surveiller la propagation de la maladie.
• Mettre en œuvre des mesures de prévention et de contrôle pour les expositions à risque présumées ou potentielles. Si les ressources le permettent, une étude  cas-témoins ou une enquête CAP peut aider à les identifier. Ne pas attendre pour mettre en œuvre les mesures de prévention et de contrôle.

Collecte de données

• Un registre normalisé doit être disponible et utilisé dans tous les établissements de santé et tous les partenaires doivent recueillir les mêmes données. Fournir un modèle si nécessaire (voir l’Annexe 5 - Modèle de registre des cas de choléra).
• Selon les capacités nationales, les registres peuvent être établis sur support papier ou électronique.
• Les informations des patients comprennent : nom, âge, sexe, lieu de résidence (à l’unité administrative reconnue la plus basse), date de visite, état de déshydratation et plan de traitement, hospitalisation, issue, date de sortie ou de décès, échantillon de selles prélevé, résultat du TDR et confirmation du laboratoire (culture et/ou PCR) et statut de vaccination. Des informations supplémentaires telles que l’exposition, le métier, l’état de grossesse, l’état de malnutrition, les coordonnées GPS de la maison du patient, etc. peuvent également être incluses dans le registre.
• Les données doivent être quotidiennement rassemblées et communiquées aux autorités sanitaires locales par les canauxétablis. Les dossiers et registres des patients doivent être conservés du début de l’épidémie jusqu’à sa toute fin.
• Veiller à ce que les agents de santé communautaire soient formés et intégrés dans le système de surveillance et à ce qu’ils recueillent et signalent systématiquement les cas suspects et les décès survenant dans la communauté, en particulier dans les régions éloignées. Mettre en œuvre une surveillance communautaire dans les zones où cela est nécessaire.
• Les agents de santé communautaire doivent consigner et signaler à l’établissement de santé ou au bureau de santé de district le nombre de cas et de décès survenant dans la communauté où les gens n’ont pas sollicité de soins médicaux et ne sont donc pas enregistrés dans les établissements de santé (voir l’Annexe 6 - Rapport hebdomadaire de surveillance communautaire).

Communication des données

• Indiquer le nombre total connu de cas de choléra et de décès (ceux enregistrés à l’établissement de santé plus ceux se produisant dans la communauté) par groupe d’âge (au moins un groupe des moins de 5 ans et un groupe des 5 ans ou plus) à l’unité de surveillance/au bureau des autorités sanitaires (district, région ou national).
• Les procédures de rapport peuvent être effectuées via des formulaires papier, des méthodes électroniques ou des communications téléphoniques.
• Rassembler les données à chaque niveau administratif de santé avant de faire rapport aux autorités sanitaires du niveau supérieur (voir Figure 1).
• Veiller à ce que les partenaires (ONG, organismes internationaux, etc.) gérant des structures de traitement du choléra indépendantes rendent également compte aux autorités sanitaires locales (au niveau du district ou du pays). 
• Compiler, valider et analyser les données à chaque niveau de l’administration de la santé pour décrire l’épidémie, suivre les tendances et identifier les populations à risque, et guider les mesures de prévention et de contrôle.
• Les laboratoires doivent également communiquer des informations actualisées à l’unité de surveillance quant au nombre de cas positifs et aux profils de sensibilité aux antimicrobiens. Ces informations doivent être partagées dans le cadre de mises à jour épidémiologiques régulières.
• Assurer l’échange de données avec d’autres pays lorsqu’il existe un risque de transmission internationale. Les districts à haut risque partagent souvent des frontières avec les pays voisins.

Fréquence des rapports

• Dans les zones encore non touchées ou les zones où aucun cas n’a été signalé récemment, signaler immédiatement (dans les 24 heures) toute alerte du choléra au niveau supérieur d’autorité sanitaire (district, région ou national) pour mener des investigations sur le terrain et confirmer ou exclure l’hypothèse de l’épidémie.
• Les agents de santé communautaire doivent immédiatement signaler toute alerte à l’établissement de santé le plus proche ou à l’autorité sanitaire de district. 
• Dans les zones où une épidémie de choléra a été déclarée, notifier chaque jour ou chaque semaine le nombre de cas et de décès (ceux enregistrés à l’établissement de santé plus ceux se produisant dans la communauté) afin de surveiller l’épidémie et orienter et adapter les mesures de contrôle.
• Dans les régions où le choléra est fréquent, avec des cas toute l’année, signaler au moins une fois par semaine le nombre de cas et de décès (ceux enregistrés à l’établissement de santé plus ceux se produisant dans la communauté) afin d’estimer les indicateurs de base de la surveillance (taux d’incidence, TA et létalité), évaluer l’impact des interventions et aider à planifier les stratégies de lutte. 
• Les laboratoires doivent immédiatement communiquer les résultats des tests effectués chez les cas suspects aux autorités sanitaires et à l’établissement de santé qui envoie l’échantillon, en particulier dans les zones jusqu’alors non touchées.
• Une fois qu’une épidémie est déclarée, le laboratoire doit périodiquement informer les autorités sanitaires du nombre d’échantillons reçus, du nombre d’échantillons testés et des résultats des essais par date et par zone.

Figure 1. Flux d’informations

Analyse des données

• Les autorités sanitaires doivent recueillir et analyser au plus tôt les données reçues par toutes les sources afin de décrire la situation, d’identifier les populations à risque et de prendre les mesures de prévention et de contrôle nécessaires. Le taux d’incidence, la létalité et le TA sont des indicateurs épidémiologiques clés.
• Les établissements de santé doivent également procéder à une analyse des données sur les cas et les décès observés en leur sein.
• Produire régulièrement (quotidiennement ou hebdomadairement) des bulletins épidémiologiques ou des rapports de situation pour les diffuser auprès des partenaires aux niveaux des districts et des pays (voir l’Annexe 7 - Plan du rapport sur la situation épidémique).
• Diffuser les informations connues sur l’épidémie à tous les secteurs (santé, EHA, promotion de l’hygiène, etc.) et partenaires (autorités nationales, partenaires nationaux et internationaux) pour orienter et adapter les activités de prévention et de contrôle. Les partenaires doivent échanger leurs informations pour orienter les actions.
• Si elles sont disponibles, tenir compte des données historiques des épidémies précédentes pour mieux interpréter l’analyse.
• Envisager de mener des études épidémiologiques (comme des enquêtes CAP et des études cas-témoins) pour déterminer les facteurs de risque et les schémas de transmission.

Épidémiologie descriptive

Par personne 

• Fournir une description des cas (suspects et confirmés) par âge (moins de 5 ans et 5 ans ou plus) provenant des communautés et des établissements de santé afin d’identifier et de décrire la population touchée. Si les données démographiques sont disponibles, le nombre de cas peut être exprimé en taux d’incidence (TI) et taux d’attaque (TA).
• Inclure le nombre de patients hospitalisés et la proportion de cas par niveau de déshydratation ou plan de traitement appliqué. 
• Indiquer le nombre de décès (dans l’établissement de santé plus dans la communauté) dans une région ou un district au fil du temps. Le risque de mourir du choléra est généralement exprimé en  létalité , en divisant le nombre de décès attribués au choléra par le nombre total de cas de choléra (suspects et confirmés).

Dans le temps

• Fournir une description des cas et des décès au fil du temps pour suivre l’évolution et l’ampleur de l’épidémie ; les données sont habituellement présentées sous la forme d’un histogramme épidémique indiquant le nombre de cas par date de visite ou date de début des symptômes.
• Le risque de décès par le choléra est représenté dans la courbe épidémique par le létalité pour chaque période (quotidienne, hebdomadaire ou mensuelle). Ceci est généralement présenté sous la forme d’une ligne superposée sur le graphique à barres.

Par lieu

• Indiquer la répartition géographique des cas par lieu de résidence (par village, district et région) afin de déterminer les zones touchées les plus à risque et de surveiller l propagation de l’épidémie.
• Dans la mesure du possible, collecter des points SIG et cartographier les foyers de patients et les sources d’eau pour aider à identifier les zones à haut risque. La collecte de ce type de données peut être effectuée par des équipes EHA/environnement, des bénévoles, des agents de santé communautaire et d’autres personnes responsables de la promotion de la santé ou de la distribution de kits d’hygiène dans les foyers des patients.

Taux d’incidence (TI)

• Le TI indique la vitesse à laquelle de nouveaux cas surviennent au cours d’une période donnée (habituellement par semaine) dans une zone donnée ou dans une population donnée (par exemple un groupe d’âge).
• Le TI peut être exprimé pour 100 (pourcentage), 1000 ou 10 000 personnes, ou encore plus en cas de petit nombre de cas.
• Le TI indique l’évolution de l’épidémie et sa rapidité de propagation. Il peut être comparé entre groupes et avec d’autres régions, car l’incidence est ajustée pour chaque population.

Taux d’attaque (TA)

• Le TA est l’incidence cumulative du choléra sur une période donnée (habituellement la durée d’une épidémie) dans une zone et une population définies.
• Il est habituellement exprimé en pourcentage et peut être calculé par âge et par zone.
• Le TA indique l’impact de l’épidémie sur la population.
  •  Dans les communautés rurales à faible densité de population, le TA peut varier entre 0,1 à 2 %
  •  Dans les endroits peuplés (comme les milieux urbains, les camps de réfugiés), le TA tend à être plus élevé (1 à 5 %).
  • Dans des milieux sans immunité et où les conditions d’accès à l’eau et à l’assainissement sont médiocres, le TA peut dépasser 5 %.

Létalité 

• La létalité est la proportion de décès dus au choléra par rapport au nombre total de cas dans un délai donné, exprimée en pourcentage.
• Les décès survenant aux UTC/CTC ou dans la communauté doivent être enregistrés et analysés séparément. Calculer les létalités dans les établissements de santé et dans la communauté.
• La létalité, calculé en fonction des décès et des cas enregistrés dans une structure de santé donnée, est un indicateur de la  gestion des cas et de l’accès au traitement. Le décès d’une personne atteinte du choléra à tout moment après son arrivée dans un établissement de santé est considéré comme un décès en établissement.
• La létalité du choléra peut atteindre 50 % si aucun traitement adéquat n’est fourni aux patients souffrant d’une déshydratation sévère. Avec un traitement adéquat et approprié personne ne  devrait décéder du choléra.. Toutefois, un centre de traitement dont la létalitéest inférieur à 1 % est considéré comme bien géré.
• Une létalité élevé peut indiquer :
  • un accès au traitement insuffisant : les patients arrivent tardivement par rapport à la progression de la maladie (avec une déshydratation sévère) en raison de facteurs tels que l’éloignement des centres de soins sans moyen de transport ; les barrières culturelles, les croyances ou les informations erronées quant au moment et à l’endroit où se rendre pour le traitement ; ou les frais des soins ;
  • gestion inadéquate des cas en raison de facteurs tels que le manque de professionnels de  santé correctement formés, le manque de matériel et l’insuffisance de la capacité d’accueil des centres de traitement ; et/ou biais de la surveillance lorsque les décès sont enregistrés plus précisément que le nombre de cas (par exemple, les cas de consultations externes ne sont pas enregistrés).
• Si la létalité est élevé, une évaluation de la structure de traitement, et notamment l’accès précoce aux soins, doit être effectuée pour déterminer les causes et mettre en œuvre les mesures correctives (voir la Section 6 - Centres de traitement du choléra).

Surveillance en laboratoire

• Une fois qu’une épidémie est déclarée, enregistrer et signaler toute personne présentant un risque de choléra.
   
  • Rappel : dans les zones où une épidémie de choléra a été déclarée, un cas suspect de choléra est défini comme toute personne présentant ou mourant d’une diarrhée aqueuse aiguë. 
• Il n’est pas nécessaire de confirmer tous les cas suspects en laboratoire. 
• Confirmer en laboratoire par culture ou par PCR les cas suspects de choléra pour toute nouvelle zone (district, province ou région) touchée par l’épidémie (voir la Section 2 - Confirmation de l’épidémie).
• Effectuer un échantillonnage périodique des cas suspects pour surveiller l’épidémie, déterminer le profil de sensibilité antimicrobienne et effectuer une surveillance continue des souches. 
  • Si des TDR sont disponibles, envoyer des échantillons des patients présentant des résultats positifs au laboratoire. Dans le cas contraire, envoyer des échantillons provenant de patients souffrant d’une déshydratation sévère. 
  • Le nombre d’échantillons prélevés et testés dépend de la capacité du laboratoire et de l’étendue et de l’ampleur de l’épidémie. 
  • Idéalement, soumettre au moins cinq échantillons (provenant de patients choisis au hasard) par semaine et par centre de traitement. 
  • Effectuer des tests de sensibilité aux antimicrobiens sur les isolements bactériens confirmés pour guider le traitement antibiotique (cela n’est pas nécessaire pour les cas individuels). Au moins un isolement bactérien par semaine par zone touchée doit être testé afin de surveiller les profils de sensibilité aux antimicrobiens.
  • Les résultats de la sensibilité aux antimicrobiens doivent être signalés aux professionnels de santé afin qu’ils puissent adapter le traitement antibiotique en conséquence (voir la Section 7 - Gestion des cas dans les centres de traitement).
• Dans une situation d’épidémie importante ou nationale, sélectionner un nombre représentatif d’établissements de santé ou d’UTC/de CTC (sites sentinelles) pour la collecte et l’expédition d’échantillons aux fins d’analyse. Les sites sentinelles doivent être sélectionnés de façon à représenter les principales zones touchées.
• Communiquer avec les laboratoires internationaux de référence pour réaliser un contrôle externe de la qualité et pour l’expédition des échantillons en vue d’une caractérisation plus poussée, comme des tests moléculaires à base d’ADN.

• Pour plus d'information voir:

  • GTFCC Technical Note - Introduction of DNA-based indentification and typing methods to public health practitioners for epidemiological investigation of cholera. Juin 2017. (https://www.gtfcc.org/resources/)

Surveillance de l’environnement

L’échantillonnage de l’environnement pour détecter les souches de V. cholerae de l’épidémie ne sert pas un objectif immédiat de santé publique, sauf dans des circonstances inhabituelles où le choléra est rare ou inconnu et où une seule source semble probable. L’analyse de l’eau peut se limiter aux niveaux de CRL et les tests de base de la contamination fécale. Les avantages de l’échantillonnage environnemental (surveillance à long terme et l’identification des souches, par exemple) sont principalement d’ordre de la recherche ou de la surveillance de l’élimination, et sortent donc du cadre du présent document.

Ressources supplémentaires

1. Instructions provisoires sur la surveillance du choléra. Groupe de travail spécial mondial de surveillance et de lutte contre le choléra. Juin 2017. Cliquez ici
2. Guide Technique pour la Surveillance Intégrée de la Maladie et la Riposte (SIMR) dans la Region Africaine. Deuxième édition. 2010. Cliquez ici
3. Note technique provisoire : introduction aux méthodes d’identification et de typage à base d’ADN pour les praticiens de la santé publique en vue d’une enquête épidémiologique sur les épidémies de choléra. Groupe spécial mondial de lutte contre le choléra. Juin 2017 Cliquez ici
4. Prise en charge d’une épidémie de choléra. Chapitre 2. Investigation d’une l’épidémie. MSF. Août 2017.  Cliquez ici
5. Flambées de choléra: évaluation des mesures mise en œuvre et. Groupe spécial mondial de lutte contre le choléra. 2010. Cliquez ici